Физическая очистка относится к методам очистки мембран, основанным на механических принципах, в основном включая гидравлическую очистку, ультразвуковую очистку и очистку импульсами газа. Технология физической очистки не изменяет молекулярную структуру загрязняющих веществ, не вызывает загрязнения окружающей среды, наносит меньший вред здоровью рабочих, не значительно изменяет взаимодействие между загрязняющими веществами и поверхностью мембраны, а также не изменяет структуру мембраны и не ослабляет её производительность. Ультразвуковая очистка и очистка импульсами газа всё ещё находятся на стадии исследования очистки мембран от загрязнений, в то время как в практических проектах для очистки мембран часто применяется метод гидравлической очистки.